1
$\begingroup$

We have a university license of Mathematica. In /usr/remote/Wolfram/Mathematica/10.3/Configuration/Licensing/mathpass on all the Debian 9 systems we have the content:

!wolframlicense.physik.uni-bonn.de

One user experiences that Mathematica cannot be started, instead the following output is emitted on the console:

$ mathematica
$

LinkConnect::linkc: -- Message text not found -- (LinkObject[8u2xs_shm, 3, 1])
LinkConnect::linkc: -- Message text not found -- (LinkObject[s88jc_shm, 3, 1])

She told me that deleting ~/.Mathematica fixes the issue. It seems to be caused by improperly logging off or having Mathematica crash. I did not experience that with my user account.

From what I found online it seems that this LinkConnect is used by remote kernels and also the licensing server communication. Since it is coupled to files in the home directory, it might be some stale socket to the university's license server?


A .Mathematica directory that caused the problem contains these files:

.Mathematica.bak/
|-- ApplicationData
|   |-- CloudObject
|   |   `-- Authentication
|   `-- Parallel
|       `-- Preferences
|           `-- Preferences.m
|-- Applications
|-- Autoload
|   `-- PacletManager
|       `-- Configuration
|           `-- FrontEnd
|               `-- init_10.3.0.0.m
|-- FrontEnd
|   |-- 10.3_Caches
|   |   `-- Linux-x86-64
|   |       |-- FileMenuCache.pbf
|   |       |-- ResourceMap.pbf
|   |       `-- SystemFiles
|   |           |-- CharacterEncodings
|   |           |   `-- UTF-8.pbf
|   |           `-- FrontEnd
|   |               `-- TextResources
|   |                   `-- UnicodeCharacters.pbf
|   `-- init.m
|-- Kernel
|   `-- init.m
|-- Licensing
|-- Paclets
|   |-- Configuration
|   |   |-- managerData_10.3.0.0.pmd2
|   |   |-- pacletData_10.3.0.0_7885263109545408621.pmd2
|   |   `-- pacletSiteData_10.pmd2
|   |-- Repository
|   `-- Temporary
|       `-- QuantityUnits-1.2.1.19262308.paclet
|-- SystemFiles
|   |-- CharacterEncodings
|   |-- FrontEnd
|   |   |-- Palettes
|   |   |-- StyleSheets
|   |   `-- SystemResources
|   |       `-- FunctionalFrequency
|   |           `-- CodeAssistHistory10.3.m
|   |-- Kernel
|   `-- SpellingDictionaries
`-- term.history

And this is what changes against a freshly created .Mathematica directory:

Binary files .Mathematica/FrontEnd/10.3_Caches/Linux-x86-64/ResourceMap.pbf and .Mathematica.bak/FrontEnd/10.3_Caches/Linux-x86-64/ResourceMap.pbf differ
Binary files .Mathematica/FrontEnd/10.3_Caches/Linux-x86-64/SystemFiles/FrontEnd/TextResources/UnicodeCharacters.pbf and .Mathematica.bak/FrontEnd/10.3_Caches/Linux-x86-64/SystemFiles/FrontEnd/TextResources/UnicodeCharacters.pbf differ
diff -u -r .Mathematica/FrontEnd/init.m .Mathematica.bak/FrontEnd/init.m
--- .Mathematica/FrontEnd/init.m    2018-12-11 17:02:52.000000000 +0100
+++ .Mathematica.bak/FrontEnd/init.m    2018-12-07 12:56:52.000000000 +0100
@@ -5,139 +5,52 @@
 Current3DTool->"RotateView",
 Default3DTool->"RotateView",
 VersionsLaunched->{"10.3.0"},
-NotebooksMenu->{"PiPiPartWaveTest.nb" -> {
+NotebooksMenu->{"PiPiTest.nb" -> {
+    FrontEnd`FileName[{$RootDirectory, "home", "tada", "Documents", 
+      "Wolfram Mathematica"}, "PiPiTest.nb", CharacterEncoding -> "UTF-8"], 
+    True, False, True}, "PiPiPartWaveTest.nb" -> {
     FrontEnd`FileName[{$RootDirectory, "home", "tada", "Documents", 
       "Wolfram Mathematica"}, "PiPiPartWaveTest.nb", CharacterEncoding -> 
      "UTF-8"], True, False, True}},
-HelpViewerSettings->{"WindowMargins"->{{Automatic, 527}, {96, Automatic}},
+FindSettings->{"FindBoxes":>RowBox[{"t", "[", 
+   RowBox[{"p1", ",", "cosThet", ",", " ", "M"}], "]"}],
+"FindHistory":>{
+  RowBox[{"[", 
+    RowBox[{",", "cosThet", ",", " ", "M"}], "]"}], 
+  RowBox[{"[", 
+    RowBox[{",", "cosThet", ",", "M"}], "]"}], 
+  RowBox[{"[", 
+    RowBox[{",", "cosThet", ",", "M", ",", "sig"}], "]"}], "s"},
+"FindString"->"t[p1,cosThet, M]",
+"IgnoreCase"->True,
+"ReplaceBoxes"->"p2",
+"ReplaceHistory":>{
+  RowBox[{"[", 
+    RowBox[{"s", ",", "cosThet", ",", " ", "M", ",", "sig"}], "]"}], 
+  RowBox[{"[", 
+    RowBox[{"s", ",", "cosThet", ",", "M"}], "]"}], 
+  RowBox[{
+    RowBox[{"[", 
+      RowBox[{"s_", ",", "cosThet_", ",", "M_", ",", "F_"}], "]"}], " "}], 
+  RowBox[{"[", 
+    RowBox[{
+     "s_", ",", "cosThet_", ",", "l1_", ",", "l2_", ",", "M_", ",", "F_"}], 
+    "]"}], 
+  RowBox[{"[", 
+    RowBox[{"s", ",", "cosThet", ",", " ", "M"}], "]"}], "p1", 
+  RowBox[{"[", "p1"}], "p2"},
+"SearchType"->LiteralSearch,
+"WindowMargins"->{{14, Automatic}, {Automatic, 0}},
+"Wraparound"->True},
+DebuggerSettings->{"BreakOnAllMessages"->True,
+"DebuggerEnabled"->True,
+"ShowStack"->False,
+"ToolsWindowMargins"->{{Automatic, 137}, {Automatic, 79}}},
+HelpViewerSettings->{"WindowMargins"->{{210, Automatic}, {Automatic, 97}},
 "WindowSize"->{860, 750}},
 PrivateFrontEndOptions->{"DialogSettings"->{
  "Login" -> {"RememberMe" -> True}, 
-  "WelcomeScreen" -> {"ShowRecentFilesContextMenu" -> False}, 
-  "DrawingTools" -> {
-   WindowMargins -> {{Automatic, 0}, {Automatic, 0}}, "ToolsOpener" -> True, 
-    "OperationsOpener" -> True, "FillOpener" -> True, "StrokeOpener" -> False,
-     "ArrowsOpener" -> False, "TextOpener" -> False, "PointsOpener" -> False, 
-    "RectanglesOpener" -> False, "SettingsOpener" -> False, 
-    "SwatchColors" -> {{
-       GrayLevel[0.], 
-       GrayLevel[0.09090909090909091], 
-       GrayLevel[0.18181818181818182`], 
-       GrayLevel[0.2727272727272727], 
-       GrayLevel[0.36363636363636365`], 
-       GrayLevel[0.4545454545454546], 
-       GrayLevel[0.5454545454545454], 
-       GrayLevel[0.6363636363636364], 
-       GrayLevel[0.7272727272727273], 
-       GrayLevel[0.8181818181818182], 
-       GrayLevel[0.9090909090909092], 
-       GrayLevel[1.], 
-       GrayLevel[0.91], 
-       GrayLevel[0.91], 
-       GrayLevel[0.91], 
-       GrayLevel[0.91]}, {
-       Hue[0., 0.3333333333333333, 1.], 
-       Hue[0.08333333333333333, 0.3333333333333333, 1.], 
-       Hue[0.16666666666666666`, 0.3333333333333333, 1.], 
-       Hue[0.25, 0.3333333333333333, 1.], 
-       Hue[0.3333333333333333, 0.3333333333333333, 1.], 
-       Hue[0.4166666666666667, 0.3333333333333333, 1.], 
-       Hue[0.5, 0.3333333333333333, 1.], 
-       Hue[0.5833333333333334, 0.3333333333333333, 1.], 
-       Hue[0.6666666666666666, 0.3333333333333333, 1.], 
-       Hue[0.75, 0.3333333333333333, 1.], 
-       Hue[0.8333333333333334, 0.3333333333333333, 1.], 
-       Hue[0.9166666666666666, 0.3333333333333333, 1.], 
-       GrayLevel[0.91], 
-       GrayLevel[0.91], 
-       GrayLevel[0.91], 
-       GrayLevel[0.91]}, {
-       Hue[0., 0.6666666666666666, 1.], 
-       Hue[0.08333333333333333, 0.6666666666666666, 1.], 
-       Hue[0.16666666666666666`, 0.6666666666666666, 1.], 
-       Hue[0.25, 0.6666666666666666, 1.], 
-       Hue[0.3333333333333333, 0.6666666666666666, 1.], 
-       Hue[0.4166666666666667, 0.6666666666666666, 1.], 
-       Hue[0.5, 0.6666666666666666, 1.], 
-       Hue[0.5833333333333334, 0.6666666666666666, 1.], 
-       Hue[0.6666666666666666, 0.6666666666666666, 1.], 
-       Hue[0.75, 0.6666666666666666, 1.], 
-       Hue[0.8333333333333334, 0.6666666666666666, 1.], 
-       Hue[0.9166666666666666, 0.6666666666666666, 1.], 
-       GrayLevel[0.91], 
-       GrayLevel[0.91], 
-       GrayLevel[0.91], 
-       GrayLevel[0.91]}, {
-       Hue[0., 1., 1.], 
-       Hue[0.08333333333333333, 1., 1.], 
-       Hue[0.16666666666666666`, 1., 1.], 
-       Hue[0.25, 1., 1.], 
-       Hue[0.3333333333333333, 1., 1.], 
-       Hue[0.4166666666666667, 1., 1.], 
-       Hue[0.5, 1., 1.], 
-       Hue[0.5833333333333334, 1., 1.], 
-       Hue[0.6666666666666666, 1., 1.], 
-       Hue[0.75, 1., 1.], 
-       Hue[0.8333333333333334, 1., 1.], 
-       Hue[0.9166666666666666, 1., 1.], 
-       GrayLevel[0.91], 
-       GrayLevel[0.91], 
-       GrayLevel[0.91], 
-       GrayLevel[0.91]}, {
-       Hue[0., 0.5, 0.6666666666666666], 
-       Hue[0.08333333333333333, 0.5, 0.6666666666666666], 
-       Hue[0.16666666666666666`, 0.5, 0.6666666666666666], 
-       Hue[0.25, 0.5, 0.6666666666666666], 
-       Hue[0.3333333333333333, 0.5, 0.6666666666666666], 
-       Hue[0.4166666666666667, 0.5, 0.6666666666666666], 
-       Hue[0.5, 0.5, 0.6666666666666666], 
-       Hue[0.5833333333333334, 0.5, 0.6666666666666666], 
-       Hue[0.6666666666666666, 0.5, 0.6666666666666666], 
-       Hue[0.75, 0.5, 0.6666666666666666], 
-       Hue[0.8333333333333334, 0.5, 0.6666666666666666], 
-       Hue[0.9166666666666666, 0.5, 0.6666666666666666], 
-       GrayLevel[0.91], 
-       GrayLevel[0.91], 
-       GrayLevel[0.91], 
-       GrayLevel[0.91]}, {
-       Hue[0., 1., 0.6666666666666666], 
-       Hue[0.08333333333333333, 1., 0.6666666666666666], 
-       Hue[0.16666666666666666`, 1., 0.6666666666666666], 
-       Hue[0.25, 1., 0.6666666666666666], 
-       Hue[0.3333333333333333, 1., 0.6666666666666666], 
-       Hue[0.4166666666666667, 1., 0.6666666666666666], 
-       Hue[0.5, 1., 0.6666666666666666], 
-       Hue[0.5833333333333334, 1., 0.6666666666666666], 
-       Hue[0.6666666666666666, 1., 0.6666666666666666], 
-       Hue[0.75, 1., 0.6666666666666666], 
-       Hue[0.8333333333333334, 1., 0.6666666666666666], 
-       Hue[0.9166666666666666, 1., 0.6666666666666666], 
-       GrayLevel[0.91], 
-       GrayLevel[0.91], 
-       GrayLevel[0.91], 
-       GrayLevel[0.91]}, {
-       Hue[0., 1., 0.3333333333333333], 
-       Hue[0.08333333333333333, 1., 0.3333333333333333], 
-       Hue[0.16666666666666666`, 1., 0.3333333333333333], 
-       Hue[0.25, 1., 0.3333333333333333], 
-       Hue[0.3333333333333333, 1., 0.3333333333333333], 
-       Hue[0.4166666666666667, 1., 0.3333333333333333], 
-       Hue[0.5, 1., 0.3333333333333333], 
-       Hue[0.5833333333333334, 1., 0.3333333333333333], 
-       Hue[0.6666666666666666, 1., 0.3333333333333333], 
-       Hue[0.75, 1., 0.3333333333333333], 
-       Hue[0.8333333333333334, 1., 0.3333333333333333], 
-       Hue[0.9166666666666666, 1., 0.3333333333333333], 
-       GrayLevel[0.91], 
-       GrayLevel[0.91], 
-       GrayLevel[0.91], 
-       GrayLevel[0.91]}}}},
+  "WelcomeScreen" -> {"ShowRecentFilesContextMenu" -> False}},
 "InterfaceSettings"->{
- "PredictiveInterface" -> {"ShowMinimized" -> False, "FirstUse" -> False}},
-"WolframAlphaSettings"->{
- "BaseURL" -> "Automatic", "Reinterpret" -> True, "Interactive" -> True, 
-  "Language" -> Automatic, "SendMathematicaSessionInfo" -> Automatic, "AppID" -> 
-  Automatic, "MathematicaFormsFormatType" -> "MostlyInputForm"}},
-NewPrimitiveStyle->{
- FrontFaceColor -> GrayLevel[0], DrawFrontFaces -> True, FrontFaceOpacity -> 1}
+ "PredictiveInterface" -> {"ShowMinimized" -> False, "FirstUse" -> False}}}
 ]
diff -u -r .Mathematica/Paclets/Configuration/managerData_10.3.0.0.pmd2 .Mathematica.bak/Paclets/Configuration/managerData_10.3.0.0.pmd2
--- .Mathematica/Paclets/Configuration/managerData_10.3.0.0.pmd2    2018-12-10 17:41:10.000000000 +0100
+++ .Mathematica.bak/Paclets/Configuration/managerData_10.3.0.0.pmd2    2018-12-10 17:40:23.000000000 +0100
@@ -1,9 +1,9 @@
 {"ManagerDataVersion" -> 2, "AllowInternet" -> True, 
  "LastUpdatedSite" -> "http://pacletserver.wolfram.com", 
- "LastUpdatedSiteDate" -> {2018, 12, 10, 17, 41, 
-   10.329358`7.766648316110626}, "LastUsedSite" -> Null, 
+ "LastUpdatedSiteDate" -> {2018, 12, 10, 17, 40, 
+   23.092637`8.116048511696313}, "LastUsedSite" -> Null, 
  "LastUsedSiteDate" -> Null, "LastWolframAutoUpdate" -> 
-  {2018, 12, 10, 17, 41, 6.451718`7.562250363952631}, 
+  {2018, 12, 3, 12, 55, 39.47527`8.348900087668001}, 
  "NumPacletsDownloaded" -> 0, "IsDataAutoUpdate" -> True, 
  "IsDocAutoUpdate" -> True, "UseProxy" -> Automatic, "HTTPProxyHost" -> Null, 
  "HTTPProxyPort" -> 0, "HTTPSProxyHost" -> Null, "HTTPSProxyPort" -> 0, 
diff -u -r .Mathematica/Paclets/Configuration/pacletSiteData_10.pmd2 .Mathematica.bak/Paclets/Configuration/pacletSiteData_10.pmd2
--- .Mathematica/Paclets/Configuration/pacletSiteData_10.pmd2   2018-12-10 17:41:10.000000000 +0100
+++ .Mathematica.bak/Paclets/Configuration/pacletSiteData_10.pmd2   2018-12-10 17:40:23.000000000 +0100
@@ -1,7 +1,7 @@
 0
 {{"http://pacletserver.wolfram.com", "Wolfram Research Paclet Server", False, 
-  {2018, 12, 10, 17, 41, 8.809076`7.697505343841002}, 
-  {2018, 12, 10, 17, 41, 9.809532`7.744223274955068}, 
+  {2018, 12, 10, 17, 40, 21.185901`8.078621921960671}, 
+  {2018, 12, 10, 17, 40, 22.572206`8.106148988263284}, 
   {Paclet["Name" -> "Alexa", "Version" -> "1.0.0", 
     "MathematicaVersion" -> "10+", "Description" -> "Easily create Alexa \
 skills for the Amazon Echo and other devices that support Alexa Voice \
Only in .Mathematica.bak/Paclets/Temporary: QuantityUnits-1.2.1.19262308.paclet
Only in .Mathematica.bak/SystemFiles/FrontEnd: SystemResources
Only in .Mathematica.bak: term.history
$\endgroup$
  • $\begingroup$ I might be wrong, but I do not believe that LinkConnect could be related to communication with the license server. There are countless ways to cause things like this by changing the contents of ~/.Mathematica. Did you check if she had a startup script? Any auto-load packages? Any special configuration? Does she use Mathematica through the terminal or graphically? $\endgroup$ – Szabolcs Dec 10 '18 at 16:25
  • $\begingroup$ One possible explanation is that she has Mathematica automatically start subkernels on startup. This is in Preferences -> Parallel -> General Preferences. If there are not enough licenses, some of the subkernels may fail to start. If you're the sysadmin, you might want to ask her to stop doing this as it is using (sub)kernel licenses that other people may actually need. Check how many you have with $MaxLicenseSubprocesses $\endgroup$ – Szabolcs Dec 10 '18 at 16:28
  • $\begingroup$ @Szabolcs: The value of $MaxLicenseSubprocesses is infinity, so that cannot be the issue. $\endgroup$ – Martin Ueding Dec 10 '18 at 16:33
  • 1
    $\begingroup$ It's really not possible to say more without knowing what's in her ~/.Mathematica. By changing that directory, the system can in principle be reprogrammed to be whatever you want it to be ... $\endgroup$ – Szabolcs Dec 10 '18 at 16:54
  • 1
    $\begingroup$ You can debug it like this: Did she ever change anything in that directory, did she ever install any packages? If no, then it's likely either caused by the FrontEnd or the Paclets directory. Try removing each (while keeping a backup of ~/.Mathematica) to isolate the problem. If it's FrontEnd, it may be a setting she changed. If it's Paclets, it may be Wolfram's fault. $\endgroup$ – Szabolcs Dec 11 '18 at 15:07

Your Answer

By clicking “Post Your Answer”, you agree to our terms of service, privacy policy and cookie policy

Browse other questions tagged or ask your own question.